Viele Wissenschafter sind heute überzeugt, dass die breite Abgabe von Antibiotika im Tierfutter dazu beiträgt, dass sich neue Antibiotika-Resistenzen entwickeln.

Ausserdem mehren sich die Hinweise für sogenannte Kreuzresistenzen: Es entstehen also Keime, die sich ihre «Fitness» in den «leistungsgeförderten» Bäuchen unserer Nutztiere holen, aber gleichzeitig auch gegen verwandte Antibiotika immun sind, die nur in der Humanmedizin Anwendung finden. Das ist gefährlich. Denn die derart aufgerüsteten Keime gelangen über die tierischen Ausscheidungen in die Umwelt. In Deutschland hat man im Abwasser Enterokokken gefunden, die gegen eines der wichtigsten Antibiotika in der Humanmedizin, das Vancomycin, resistent sind. Umfassende Untersuchungen zeigten, dass diese Bakterien sich ihre Fitness über das Futter-Antibiotikum Avoparcin erworben haben.
Bakterien können neuerworbene Fähigkeiten via Gentransfer an andere Bakterien weitergeben auch ausserhalb der eigenen Art.

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Im schlimmsten Fall wären gefährlichste Bakterienstämme mit Antibiotika nicht mehr zu bekämpfen.

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